生物科学

Starkey_9780470711576
《基因组学:基本方法》

Genomics: Essential Methods
Mike Starkey(迈克.斯塔基)等编著
2011年1月,350页,ISBN: 9780470711576
书评者: 张瑞芬,助理研究员(中国科学院微生物研究所)
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近年来,基因组学发展迅猛,其研究重心已从基因组测序、基因识别逐渐转到功能基因组学,即对基因产物和特性的研究中。本书是由多位国际知名的基因组学方面的专家共同撰写的最新基因组学实验手册;每一章节都是先简单扼要地介绍相关的背景知识,接下来是实验方法的分步讲解,并提供了操作性较强的、已经在各个作者实验室成功试用的备选方案,最后,对于实验中遇到的常见问题,提供了解答方案。其中,重要的新方法和成熟的经典方法并重,并以相当篇幅介绍了数据分析的具体步骤。

"本书分为13个章节,每一章节都包括简介、方法和步骤、常见问题解答三部分。各章节题目分别是:1.基因组拷贝数变化的高分辨率分析;2.确定基因图谱的多态性标志物;3.应用SNP芯片对石蜡包埋组织进行基因分型和杂合性缺失分析;4.复杂性状的基因图谱;5.RNA扩增策略:趋近单细胞灵敏度;6.mRNA谱的实时定量RT-PCR;7.哺乳动物细胞的基因表达;8.应用酵母双杂交方法研究数量众多的蛋白质之间的相互作用;9.蛋白质功能的预测;10.使用基因工程小鼠解析基因功能;11.基因转移的导入系统;12.基因治疗策略:构建一匹腺病毒伴随病毒的特洛伊木马;13.为基因组学科学家介绍蛋白质组 学技术。"

本书有助于读者了解基因组学及其分支领域的全貌和相关实验技术的最新进展,对于各种基因组学研究方法的背景知识、基本原理和实验步骤都作了清晰透彻的讲解。本书可作为基因组学专业研究人员的常备用书,也可供生物信息学和生物医学领域的专业人员和研究生参考使用。


Dittmar_9780470593820
《基因倍增与生物进化》

Evolution after Gene Duplication
Katharina Dittmar等编著
2010年10月,358页,ISBN: 9780470593820
书评者: 魏玉保,博士生(中科院遗传发育所)
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"从单个基因到生物种群,从基因结构到功能,《基因倍增与生物进化》是第一本全面阐述基因倍增在产生和维持生物多样性中重要作用的文集。之前是1970年版大野乾所著的《基因倍增造成的演化》,大野乾是这一领域的奠基者。基因倍增是生物新颖性产生和维持的重要机制之 一,其它机制还有基因突变与转座等。近年来研究结果表明80%的新基因源于基因(基因组)倍增;倍增产生的新基因生发了新的功能或表达模式,即倍增基因-新蛋白-新作用网络-新表达模式,最终催生了新的物种。本书中的范例多是经典的基因家族,如Hox,Globins,OlfactoryReceptors和MHC。多个物种全基因组测序完成和二代测序技术使得生物学家能够在基因组范围检验和完善基因倍增的机制。"

本书共分为五部分16章,逻辑性强;从生物进化到分子生物学细节,由宏观到微观,读者可以从任一部分开始阅览。第一部分含第1-5章,多方面阐述基因复制与保持机制的理论模型。第二部分含第6-7章,从基因和蛋白质的结构、功能角度分析基因倍增原理。第三部分含第8-10章,比较基因组学方法分析基因倍增机制。第四部分含第11-13章,用系统生物学(相互作用网络)来解析基因倍增的效应。第五部分含第14-16章,在物种水平分析基因倍增机理。

"各章内容:1.基因倍增的生化和群体遗传学视角;2.倍增基因的功能分化;3.基因倍增保持———单基因到基因组;4.基因倍增与剂量效应;5.基因倍增的迷思与实质;6.基因倍增出现前后的生物进化;7.串联基因的倍增与其蛋白质结构;8.检测基因家族功能分异的统计学方法;9.集成种系遗传框架法研究后生动物基因组中的基因功能得与失;10.种系遗传树的一致化;11.基因倍增质与能的成本分析;12.倍增基因在相互作用网络中的命运; 13.进化和功能性视角下的基因冗余性;14.用种系基因组学方法研究鸟类基因倍增的进化动力;15.植物中的基因倍增和基因组倍增;16.脊椎动物的全基因组基因倍增与辐射分布。"

本书各章都是由相关专题的著名专家撰写,他们在各自领域具有深厚的造诣。不难看出,本书整合了基因倍增领域的最新进展,包含进化理论、数学模型、实验数据(生物化学、生物物理、生物信息学、分子生物学、系统生物学),是一本不可多得的进化生物学专著。

本书适合生物学各个分支的科学家、教授、研究生,还有那些对比较基因组学、基因组进化、多基因家族分析有兴趣的学者。


Maulik_9780470581599
《生物信息科学中的计算机智能和模式分析》

Computational Intelligence and Pattern Analysis in Biology Informatics
Ujjwal Maulik(U.毛利克)等著
2010年11月,372页,ISBN: 9780470581599
书评者: 朱尧辰,研究员(中国科学院应用数学研究所)
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计算生物学要求应用计算技术解释和分析各种生物学数据,是一门涉及生物学、计算机科学、统计学和数学科学的交叉学科,也是一个活跃的研究领域。在生物信息科学中,各种新的搜集大量数据和生成新型数据的数据采集方法催生了从数据组中搜寻有用的正则性和模式的高级方法。在这些方法中,计算机智能得到研究者特殊的青睐。

"本书全面综述了计算机智能和模式分析技术的现代进展,通过多种类型的实例阐述如何应用它们分析生物学数据以提取更有意义的信息和形成更深刻的见解。全书汇集了16篇上述主题的论文或报告,它们由33位来自北美、西欧、印度等地的学者撰写,被划分为五部分。第一部 分是由3篇综述性论文组成的全书的导言,题目是:计算机智能:基础、概观和现状;模式分析基础:简明的概观;生物信息学:数据、工具和应用。第二部分:序贯分析,含2篇关于这个方法的报告,一篇是将神经网络方法应用于助催化剂识别;另一篇研究微RNA前列腺癌靶基因预测。第三部分:结构分析,含5篇论文(或报告),给出有关方法在RNA数据库、蛋白质结构等问题及化学信息学中的应用,并应用计算机智能技术研究麻醉剂药物设计。第四部分:微数组数据分析,含3篇报告,给出模糊聚类、并行点对称聚类等技术的应用。第五部分:系统生物学,含3篇,其中一篇综述了PPI网络的拓扑性质及对系统生物学的应用;另两篇给出具体应用(如候选疾病基因优先化技术等)。"

本书可供生物学、生物化学、医学、计算机科学、统计学等专业研究生、科研人员及其他有关科技人员阅读。


Siemann_9780470749968
《肿瘤的微环境》

Tumor Microenvironment
Dietmar W. Siemann主编
2010年12月,454页,ISBN: 9780470749968
书评者: 邢永政,博士生(国家纳米科学中心)
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肿瘤微环境,即肿瘤细胞产生和生活的内环境,由多种细胞、胞外基质和胞外分子组成。主要的细胞类型,除了肿瘤细胞本身,还有其周围的成纤维细胞、免疫和炎性细胞、胶质细胞等。长期以来,肿瘤微环境被视为癌症对放射性治疗和化疗产生抵抗的主要影响因素,也在肿瘤细胞的起始、恶性进程和转移扩散过程中发挥着关键作用。

"本书主要就肿瘤微环境对癌症的影响进行了介绍,重点探讨了以下五个方面:(1)肿瘤微环境独特性质的表征;(2)肿瘤细胞发展和转移扩散的关键因素的确定;(3)肿瘤干细胞的识别以及它们在播散部位与基质的相互作用;(4)肿瘤微环境对常规抗癌治疗反应的影响;(5)对肿瘤基质或肿瘤微环境组份具有靶向性的新型治疗策略的开发与评估。具体内容为:1.癌症的微环境;2.肿瘤微环境的建立;3.细胞外基质对肿瘤发生的作用;4.基质金属蛋白酶及其抑制剂:是敌是友?5.肿瘤相关巨噬细胞(TAM)在与癌症有关的炎症中的作用;6.骨髓基质与白血病微环境;7.影响骨转移的微环境因素;8.转移前小环境;9.缺氧、厌氧代谢与基质高压;10.缺氧与DNA损伤应答;11.肿瘤微环境的非侵入式成像;12.实体瘤中缺氧诱导因子1(HIF-1)介导的适应性反应;13.癌症中非折叠蛋白质反应的调控;14.缺氧对转移扩散的影响;15.药物渗透与治疗耐受;16.放疗的影响因素; 17.用于癌症治疗的HIF?1抑制剂;18.血管靶向的分子治疗。"

本书对肿瘤微环境进行了全面详实的介绍,可作为肿瘤研究和治疗领域的学者、医务人员和研究生的参考资料。


Hirt_9783527322909
《植物应力生物学》

Plant Stress Biology: From Genomics to Systems Biology
Heribert Hirt编著
2009年12月,274页,ISBN: 9783527322909
书评者: 赵宇飞,博士生(北京化工大学)
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目前市面上已经有很多关于植物应力生物学方面优秀的图书,但是除了拟南芥模式体系外对其它植物的研究还比较少。本书首次对植物应力生物学最新的研究进行了全面先进的讨论。本书对生物和非生物应力做了大概介绍,主要关注应激激素和技术方法,如蛋白质组学、转录和基因组学以及如何将他们应用到系统的技术研究方法中。

本书分为三大部分,由11篇论文组成。第一部分从模式体系到农作物的改进进行了介绍,包括第1-3篇论文。1.模式细菌一般的应力反应;2.苔作为模式体系的植物应力反应;3.农作物在功能的基因组学方面应力忍耐力的新趋势。第二部分介绍了应力反应和相关的植物激素等在植物生物学的最新研究进展,包括第4-9篇论文。4.高等植物的应力生理学:生物与非生物发出信号之间的讨论;5.逆境中生长发育的茉莉酮酸酯;6.承受逆境忍耐力的油菜素内酯;7.寒冷、高盐分、干旱的环境;8.植物中的重金属环境;9.植物细胞中依赖超氧化物发出的信号的系统研究。第三部分从转录和蛋白质组学到信号网络等最新技术方面对将来的应用做了展望,这部分包括第10-11篇论文。10.从AtGenExpress表达图谱中所得到的拟南芥非生物应力反应;11.分析和说明蛋白质相互作用和发出信号网络的综合方法。

本书作者HeribertHirt是法国巴黎南部URGV植物基因组学研究所的理事,毕业于开普敦和维也纳大学,在维也纳做教授之前在牛津和瓦赫宁恩做过博士后。他发表论文100余篇,编著了很多图书,得到相当多的科学奖项,同时他也是一些国际性期刊的编委之一。

本书参考了大量文献。可以为植物科学、细胞、分子生物学以及生物技术等领域的研究人员提供非常宝贵的信息。


Bergman_9780470410110
《炭疽杆菌和炭疽》

Bacillus Anthracis and Anthrax
Nicholas H. Bergman编
2010年12月,337页,ISBN: 9780470410110
书评者: 刘晓红,博士生(中国科学院电子所)
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"回顾过去10年,技术的迅速发展,如基因组测序、基因控制方法及改进的动物模型等,解决了几年前微生物学方面的某些难题,从而使我们对炭疽杆菌和炭疽病开始有了深入的理解。此外,由于炭疽杆菌可作为生物恐怖战剂,各国投入了大量的资金,同时越来越多的研究者也开始研究炭疽,从而大大推动了该领域的发展。但是,目前已有的炭疽杆菌相关报道,已经不足以概括我们所掌握的炭疽杆菌知识。本书针对这个问题,汇集了该领域一些最新的综述和研究报告,对炭疽相关的各方面均作了详细介绍,涵盖了炭疽杆菌的历史、基本生物学、基因学、致病机理、 与免疫系统的作用,以及炭疽病的流行病学和预防等。"

全书分为15章。1.公元前5000年到公元2010年的炭疽历史;2.炭疽杆菌芽孢的外部结构;3.炭疽芽孢的萌发;4.炭疽杆菌中的基因操纵方法;5.炭疽杆菌基因组;6.炭疽杆菌质粒:种的定义还是生态位适应性?7.炭疽杆菌中铁元素的获取;8.炭疽毒素;9.炭疽杆菌毒力基因调控;10.炭疽杆菌与巨噬细胞之间的相互作用;11.炭疽杆菌与树突状细胞:一项复杂的斗争;12.炭疽杆菌在寄主内的传播;13.人类炭疽的病理学、诊断及治疗;14.炭疽疫苗;15.炭疽作为战争武器与恐怖主义。

本书各个章节之间是独立的,分别就炭疽杆菌和炭疽的不同主题进行介绍,由来自不同研究机构的研究者完成,包括美国军事医学传染病研究所、密歇根大学医学中心、罗格斯大学及美国健康研究院等,科学性强,参考价值高。

本书内容丰富详尽,涵盖面广,可供微生物学者、医学人员、公共健康研究人员、生物信息学者、免疫学者、生理学者及生物恐怖研究人员等阅读参考,以便全面了解炭疽杆菌和炭疽及当前的研究进展。


Hsieh_9780470563533
《计算机断层扫描:原理,设计,伪影及最新进展(第2版)》

Computed Tomography Principles, Design, Artifacts, and Recent Advances
Jiang Hsieh著
2009年7月,510页,ISBN: 9780470563533
书评者: 刘晓红,博士生(中国科学院电子所)
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《计算机断层扫描(第1版)》出版于2003年,到目前为止,X射线计算机断层扫描(CT)技术又经历了巨大的发展,本书作为第2版,是对CT在2003年到2009年的最新进展及其临床影响进行总结,在第1版基础上增加了X射线低剂量技术、锥束重建算法、非传统的螺旋采集及重建、新的重建方法和双能CT等内容。此外,不同于第1版的是,本书在每章最后附有问题,可以帮助读者更好理解章节内容。

本书分为12章。1.概述,介绍了X射线断层扫描技术和CT扫描仪的发展历史;2.前言,分析了数学理论及X射线物理学理论;3.图像重建;4.图像显示;5.CT扫描仪的关键性能参数;6.CT扫描仪的主要部件;7.图像伪影:产生、原因及校正;8.计算机仿真及分析;9.螺旋CT;10.多层CT;11.X射线的辐射及低剂量技术;12.CT的最新应用。

本书作者JiangHsieh博士是GE医疗公司的首席科学家,也是威斯康辛大学麦迪逊分校医学物理学院的客座教授,在医学成像领域有着26年的经验,拥有160多项美国专利,发表200多篇研究论文、会议论文等。JiangHsieh博士在SPIE医学成像会议、北美放射学年会及美国疼痛医学会年会等教授X射线计算机断层扫描的短期课程,主要研究方向为层析重建、医学图像处理和图像伪影识别及校正等。

本书内容丰富,不仅可供从事有关医学成像的研究人员参考,对从事CT领域的科研及应用人员来说,也是一本极有价值的参考书,此外还可用作高等院校相关专业研究生教材。


Williams_9781405193849
《自然保护中的权衡:决策保护哪些资源》

Trade-Offs in Conservation: Deciding What to Save
Nigel Leader-Williams等编
2010年10月,432页,ISBN: 9781405193849
书评者: 刘志瑾,副研究员(中国科学院动物研究所)
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自然保护指的是人对自然环境和自然资源的保护。在狭义上,指保留某些地区使其处于不受人为干扰的自然状态下,其目的包括供观赏、供科研及保存物种资源等。在广义上,指对一切自然资源的妥善保护和合理开发。其目的在于保证长久的人类生活质量。其中心是保护、增殖(可更新资源)和合理利用自然资源。在自然保护中,也不可避免的面临多种选择。对不同种群、物种甚至生态系统,哪些更具有优先保护的价值?受经济条件的限制,是保持原貌还是转型?是首先满足人类的需求,还是首先满足其它物种的需求?但遗憾的是,这些选择还没有被充分的认识和讨论。为了提高未来保护的水平和质量,我们需要在执行保护政策的同时,充分认识和考虑这些潜在的选择。更重要的是,保护主义者必须在制定策略的同时,认真权衡保护中的各种选择。

本书共分六部分20章。第一部分前言,主要介绍自然保护中权衡和选择的基本概念。第二部分标题为"现有的方法与手段",包括第2-5章;2.将自然保护中的权衡问题区分优先次序;3.确定全球保护优先区域中的权衡选择;4.确定生态系统服务和人类利益保护的优先性;5.定义和衡量保护中的成功与否。第三部分标题为"价值系统的影响",包括第6-10章:6.无脊椎动物的保护:保护多少,如何保护;7.动物的福利与保护及法律和政策间的权衡选择;8.保护还是利用:细微平衡的例子;9.谁的利益优先:保护生物多样性还是消除贫困;10.保护中贸易的重要性。第四部分标题为"经济学与管理",包括第11-14章:11.确定保护基金中方向偏离的激励和平衡;12.市场化与保护:如何影响游人和大众;13.自然保护与农业发展的平衡;14.经过努力获得的机会:保护可以在人类利益矛盾下创造和平的平台吗?第五部分标题为"社会和制度约束",包括第15-17章:15.有效保护计划中要权衡调查性和执行性的重要性;16.保护中的途径依靠性;17.保护权衡与知识政策。第六部分标题为"未来的挑战":18.气候变化与保护;19.生物多样性变化的驱动者;20.使保护权衡更加透明化。

本书最大的特点,是解释了自然保护中一个非常重要但又常被人忽视的问题。也就是说,在执行自然保护的过程中,哪些是要优先考虑的,权衡决定又是如何做出的。本书避免了仅仅在理论上讨论自然保护的意义,而从实际的角度出发,描述了这一过程的具体决策和执行情况。对于有意了解相关领域的读者来说,是一本不可多得的好书,适用于学生、学者和管理人员。


Freshney_9780470528129
《动物细胞培养:基本技巧和特定应用手册(第6版)》

Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique and Specialized Applications, 6th Edition
R. Ian Freshney编
2010年10月,796页,ISBN: 9780470528129
书评者: 刘志瑾,副研究员(中国科学院动物研究所)
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动物细胞工程的基础是动物的细胞培养。动物组织培养的奠基人是美国生物学家哈里森。哈里森在1907年从蝌蚪的脊索中分离出神经组织,并把分离出来的神经组织"种植"在事先涂有蛙体淋巴的盖玻片上,神经组织在这种条件下成活好几周,开创了动物组织培养的先河。动物组织培养技术,是从动物体内取出组织,模拟体内的生理环境,在无菌、适温和丰富的营养条件下,使离体组织生存、生长并维持结构和功能。20世纪40年代,从事动物组织培养的各国科学家把研究的重点集中在培养基的改造上,把原来培养基中的动物血浆改成人工合成的营养物质,把原来的生长促进剂的胎汁改为动物血清。目前动物组织培养技术已成为动物细胞工程的牢固柱石。在这个领域中,各种常规技术和新技术以及新的培养方法层出不穷,已形成一个非常复杂的学科体系。本书正是在这一背景下,综合了该领域的基本知识、常规技术手段和最近科学实践,编成的一部集教科书、实验手册和百科全书似的参考书,使用价值非常大。

"本书共分30章,分别是:1.前言;2.培养细胞的生物学特性;3.实验室设计、规 划与设备;4.设备与材料;5.无菌技术;6.安全和生物伦理标准;7.培养器皿和培养 基;8.确定的培养基与辅料;9.无血清培养基;10.准备与活化;11.初代培养;12. 传代与细胞系;13.克隆与选择;14.细胞分离;15.细胞定性;16.细胞分化;17.变形与永生化;18.保种;19.冷冻保存;20.细胞定量;21.细胞毒素;22.特化细胞;23.干细胞、精细胞与羊水细胞;24.肿瘤细胞培养;25.三维培养;26.大规模传代与自动化;27.特化技术;28.培训程序;29.常见问题;30.结论。"

本书最大的特点是细致而全面,对于细胞培养各个方面都进行了描述和总结。更为可贵的是,正文后还附了6个附录,给出了各种可能用到的知识,对工作人员有很大的帮助。这是一本细胞培养实验室必备的工具书,适用于学生、学者和技术人员。


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