基因组学

Starkey_9780470711576 《基因组学基本方法》
Genomics: Essential Methods
Mike Starkey,Ramnath Elaswarapu 编著
2011年1月,350页,ISBN: 9780470711576
MeSH:
1. Genomics
书评者: 方福德,教授(中国医学科学院基础研究所生物化学与分子生物学室)
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人类基因组测序计划完成后,有关基因组学研究内容迅速扩展,新技术与大量信息数据的结合使人们对生物系统的认识发生了很大改变。新技术促进了科学与商业的联姻,也促进了基因组学知识的增长。在此背景下,本书的目的是为研究者提供比较全面的相关的基本技术方法和标准操作规程。

收入本书的技术方法都有统一的写法,即:首先介绍技术方法的基本原理和总体描述,然后介绍操作步骤和细节,给出可能的替代方法,最后指出可能出现的问题和克服办法。每个技术方法后面都附有参考文献。

本书提出的技术方法涵盖了基因组学研究的广阔范围:包括突变的检测、mRNA和DNA拷贝数检测,蛋白质分析以及基因组策略应用于疾病治疗等等。

全书共13章,其题目如下:

第1章基因组拷贝数改变的高分辨分析;
第2章用于遗传作图的多态性标记的鉴定;
第3章应用SNP阵列进行基因分型和LOH分析;
第4章复杂性状的遗传作图;
第5章RNA扩增策略:向单细胞检测迈进;
第6章分析mRNA谱的实时定量RT-PCR技术;
第7章哺乳类细胞的基因表达;
第8章运用酵母双杂交法研究大量的双蛋白质相互作用;
第9章蛋白质功能的预测;
第10章利用遗传工程小鼠研究基因功能;
第11章基因转移的运送系统;
第12章基因治疗策略:构建AAV特洛伊木马;
第13章蛋白质组学技术。

第1-3章专门介绍基因组分析的方法,包括组织切片染色体拷数改变的检测;单核苷酸多态性(SNPs)用于疾病易感性和药物遗传学的高分辨率的全基因组关联分析。

第5-7章介绍基因表达的分析技术。包括采用RNA扩增技术直接进行转录组分析的技术;具有高灵敏度和特异性的RNA检测和定量的实时定量逆转录PCR技术;体内表达转基因技术;新的基因转移技术。

蛋白质与蛋白质相互作用的研究有助于了解生物学功能和阐明生化途径,本书第8章给出这方面的研究技术有高保真双蛋白相互作用的酵母双杂交系统。确定基因功能是功能基因组学的中心任务,本书第9—10章专门介绍相应的研究技术。

对于那些由基因缺陷引起的疾病,采用基因治疗方法是可行的并且此种疗法的应用与日俱增。本书第11—12章介绍了与基因治疗相关的策略和技术。

最后一章给出了蛋白质组分析方法和策略。

点评:

本书与现有的相关技术方法类书籍比较,具有以下特点和优点:

  1. 所选取的技术方法覆盖了基因组学研究的主要领域,应用范围广。本书选择的技术方法的原则是:注重使用方便、能说明问题,使用效率和频率高,囊括最新技术成果。因此,充分体现出实用性和先进性的特点。

  2. 本书介绍的技术方法均由国际上有丰富经验的科学家和实验室所撰写,具有很高的权威性、实用性和参考价值,可作为标准化操作规程来使用。其写作特点是:行文单刀直入,简明扼要,实验操作步骤的描述步步相扣,清晰无误,必要之处图文互补。最难能可贵的是,每种技术方法介绍中都设置Troubleshooting一节,专门指出实验过程中可能出现的问题和解决办法,为读者和应用者少走弯路和不走弯路提供了有力保证。如果作者们没有丰富的理论知识和实际经验的话,是不能做到这一点的。

基因组学研究中基因组进化已成为主要的内容之一,本书在这方面没有单独给出专门的研究技术方法介绍,可认为是一个小小的缺憾,但不影响本书的整体水平和价值。


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